Rではじめよう！生態学・環境科学のためのデータ分析超入門

第4章

準備1: フォルダの準備

この本の内容に沿ってRを勉強していくには、そろそろちゃんとデータファイルやサンプルコード・自分で書いたコードをフォルダに整理していく必要があります。以下のようにフォルダを作っていきましょう。

[1.1] フォルダ名の付け方のルールを復習しよう

「3.2.3 ファイル名の付けかた」で説明したファイル名の付けかたのルールと同様に、フォルダ名を付けるときには以下のルールを厳守しましょう。
　　・ルール1：半角英数字及び半角記号の一部(=, -, _)だけ使う
　　・ルール2：半角でも全角でもスペースをフォルダ名の一部に混ぜない

[1.2] この本全体用の親フォルダをつくる

practice_Rという名前のフォルダを作るとよいでしょう。

[1.3] 各章ごとにフォルダを作る

まずは、第4章・第5章両方に使うフォルダとして, chapter04_05フォルダを親フォルダ(practice_R)の下に作りましょう。

[1.4] chapter04_05フォルダの下の設定

chapter04_05フォルダの下に、さらにいくつかフォルダを作りましょう。
　　・chpter04_05フォルダの直下に、二つのフォルダ(test_phytoplanktonとtest_ecoplate)を作る。
　　・test_ecoplateフォルダの直下に、もう一つのフォルダ text_fileを作る。

準備2: データファイル・メタデータファイルのダウンロード

第4章・第5章では一番たくさんファイルを使います。必要なファイルはすべてここからダウンロードできます。必ず以下の手順に従って指定したフォルダにファイルを保存しましょう。別のところに間違えて保存してしまうと、Rからそのファイルを見つけられなくなってしまいます。

[2.1] 植物プランクトンの種組成に関するメタデータ・観測データのダウンロード

新しいタブで次のリンクを開いてファイルをtest_phytoplankonフォルダの中に保存しましょう。
test_phytoplankton

[2.2] 細菌群集の炭素代謝に関するメタデータ・観測データのダウンロード

新しいタブで以下のリンクを開いてファイルをtest_ecoplateフォルダの中に保存しましょう。
test_ecoplate

4.1 エクセルを使ってメタデータをまとめる

以下のサンプルスクリプトをtest_phytoplanktonフォルダの中に保存しましょう。chapter04_05の直下に保存してはいけません！
phyto_test.R

4.2 プログラミングの基礎(if, loop, 関数)

以下のサンプルスクリプトをchapter04_05フォルダの直下に保存しましょう。本文中のサンプルコードの２２行目以降は以下のスクリプトには書き込まれていませんで、自分で書き込んでから実行してみましょう。
また、以下のサンプルスクリプトに関する本文中には記載のない補足情報がありますので、その他追記事項中の「文字列をコンソールに表示する際の改行コード（￥n, \n）の表記について」をご覧ください。

chapter04_4-2.R
このRスクリプトの日本語解説込みのHTMLファイルは、次のリンクをクリックすればそのままウェブブラウザの新規タブで表示されます（Edgeを推奨、Safariも可）：
chapter04_4-2.nb.html

4.3 メタデータを活用した大量のデータの自動読み込み

4.3.1 自動読み込み例1: 植物プランクトンの種構成データ

4.1のところでダウンロードしたサンプルスクリプトphyto_test.Rを引き続き使います。
このRスクリプトの日本語解説込みのHTMLファイルは、次のリンクをクリックすればそのままウェブブラウザの新規タブで表示されます（Edgeを推奨、Safariも可）：
phyto_test.nb.html

4.3.2 自動読み込み例2: 細菌群集の炭素代謝データ（エコプレート）

以下のサンプルスクリプトをtest_ecoplateフォルダの中に保存しましょう。chapter04_05の直下やtest_phytoplanktonの下に保存してはいけません！
ecoplate_test.R
このRスクリプトの日本語解説込みのHTMLファイルは、次のリンクをクリックすればそのままウェブブラウザの新規タブで表示されます（Edgeを推奨、Safariも可）：
ecoplate_test.nb.html