第5章では、引き続きchapter04_05というフォルダとそのサブフォルダであるtest_phytoplanktonとtest_ecoplateの中のファイルを使います．第4章を読み飛ばしてこれらのフォルダ・ファイルのダウンロードが済んでいない人は[第4章へのリンク]に戻って準備を済ませてください。
第4章を読み飛ばさずに必要な作業をすべて終えている人は、第4章のところですでにダウンロードしたファイルを再びダウンロードする必要はありません！なお、既にダウンロードしているファイルを再びダウンロードしようとする場合，ファイル名の末尾に”(1)”のように余分な文字列が追加されてしまうので気をつけましょう。
第4章の続きを始めるにあたって、予期せぬエラー等がご自分で整理したデータファイルを保存したオブジェクトに含まれているかもしれません。そこで、第4章の最後でうまくいけば出来上がっているはずの状態をミスなく実現するため、以下の二つのファイルをダウンロードしてください。それぞれ別のフォルダに入れる必要があります。
test_phytoplanktonに一つ目のファイルをダウンロード：
plankton_data.obj
test_ecoplateに二つ目のファイルをダウンロード：
data_ecopl.obj
これらのファイルのダウンロードが済んだら、本文の[5.2 データの整頓：解析に直結できる形に整える]の最初の段落の説明にしたがって，Rに読み込みましょう．
phyto_test.Rを第4章に引き続き使います（15行目以降）。このRスクリプトの日本語解説込みのHTMLファイルは、次のリンクをクリックすればそのままウェブブラウザの新規タブで表示されます（Edgeを推奨、Safariも可）：
phyto_test.nb.html
「ここから第5章の内容」の見出し以降が第5章の内容です。
ecoplate_test.Rを第4章に引き続き使います（31行目以降）。このRスクリプトの日本語解説込みのHTMLファイルは、次のリンクをクリックすればそのままウェブブラウザの新規タブで表示されます（Edgeを推奨、Safariも可）：
ecoplate_test.nb.html
「第5章の内容」の見出し以降が第5章の内容です。